Более 200 лет сооружение стояло под водой, забытое всем миром. До 2002 года, когда из-за непрекращающейся засухи уровень воды упал и обнажился затопленный храм.
Церковь была построена группой монахов, собравшихся вокруг монаха-приора Бартоломе де ла Каса, который прибыл в Мексику вместе с испанскими колонистами в середине XVI века. Одним из элементов евангелизационной миссии было строительство церкви-храма Сантьяго.
Здание было построено, но заброшено между 1773 и 1776 годами из-за чумы, охватившей местность. Распространение болезней среди жителей американского континента было довольно частым явлением благодаря колонистам, торговцам и исследователям, которые завезли на континент ранее неизвестные бактерии и вирусы.
В 1960-х годах костел был затоплен водой в результате строительства поблизости плотины. В этом году засуха вновь обнажила сооружение, сделав храм Сантьяго одной из главных туристических достопримечательностей сезона.
